Фамилия Холдобаева — редкая, и её разбор требует осторожности: в русских говорах и тюркских языках есть похожие звуковые комплексы, и ключевой вопрос — с какого корня всё началось. Скорее всего, в основе лежит тюркское слово «холдоба» (или «колдоба»), которое в сибирских и южнорусских диалектах означало нечто вроде «кривой», «согнутый», «корявый» — так могли прозвать человека с физическим изъяном, хромого или сутулого. Второй вариант, менее вероятный, но встречающийся в ономастике: от тюркского «колдау» (просьба, мольба) или «холдо» (раб, слуга) с прибавкой русской фамильной модели. Но первая версия убедительнее, потому что прозвища по внешности давали чаще, чем по абстрактным понятиям.

Фамилия образована по стандартной русской модели: основа «Холдоба» + патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Женская форма Холдобаева — естественное окончание для носительницы фамилии. Суффикс указывает, что фамилия — типично русская по оформлению, хотя корень, скорее всего, заимствован. Встречаются варианты написания через «о» (Холдобаев) и изредка через «а» в первом слоге (Халдобаев), что может указывать на диалектное «аканье» в южных регионах.

Географически фамилия привязана к Волгоградской, Ростовской областям и Ставропольскому краю — территориям, где веками соседствовали русские и тюркские народы. В дореволюционных метрических книгах Холдобаевы встречаются среди казаков и крестьян, что подтверждает бытовое происхождение прозвища: в казачьей среде меткие уличные клички часто переходили в фамилии. Социальный контекст — низшие сословия, без дворянских родов с такой фамилией.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить корень. В тех же областях бытуют Колдобаев, Колдобин, Холдобин. Фамилия Колдобин, по словарю В. Никонова, восходит к диалектному «колдоба» — «кривое дерево» или «сутулый человек». Холдобаев — фонетический дублет, где начальное «х» могло появиться под влиянием местных говоров (например, «хромать» вместо «колченогий»). Это косвенно подтверждает версию о прозвище по внешнему признаку, а не по роду занятий.

Написание фамилии устойчивое, без исторических перестроек. Единственная особенность: в редких документах XIX века встречается форма Холдобаевъ с твёрдым знаком на конце, что не меняет сути. Фамилия не получила широкого распространения за пределами юга России, что делает её локальным маркером — носитель с большой вероятностью имеет корни из донских или кубанских земель.