Фамилия Холдобов — одна из тех, что звучит необычно, но при внимательном разборе оказывается крепко связана с русским Севером и архангельскими говорами. Её основа — слово «холдоба». В диалектах Архангельской, Вологодской и Олонецкой губерний так называли глубокий овраг, лог, рытвину или яму, часто заполненную водой. Человек мог получить прозвище Холдоба, если жил у такого оврага, владел землёй в низине или сам отличался угрюмым, «глубоким» нравом — в говорах слово имело и переносное значение «суровый, неприветливый человек».

Суффикс -ов указывает на стандартную модель русской фамилии, образованной от прозвища или имени отца: Холдобов — сын Холдобы. Интересно, что слово «холдоба» родственно диалектному «холдобина» (колдобина, ухаб) и, вероятно, восходит к общеславянскому корню со значением «гнуть, клонить». То есть изначально — нечто вогнутое, проваленное. Встречается и вариант Халдобов, где «а» вместо «о» — следствие акающего произношения, характерного для тех же северных территорий.

География фамилии подтверждает северное происхождение. По данным переписей и метрических книг XIX века, Холдобовы чаще всего встречались в Шенкурском и Холмогорском уездах Архангельской губернии, а также в соседней Вологодчине. Позднее фамилия распространилась на Урал и в Сибирь — вместе с переселенцами с Русского Севера. Среди носителей не было знатных дворянских родов; это фамилия крестьянская и мещанская, без приставок и княжеских титулов.

Сравните с однокоренными: Холдобин, Холдобенков, Холдобский. Первая фамилия образована по той же модели, но с другим суффиксом (-ин), вторая — с уменьшительным или патронимическим суффиксом -енков, третья — по польско-украинской модели на -ский, что встречается реже. Все они держатся той же основы — «холдоба», что делает фамилию Холдобов своеобразным топографическим маркером: предки, скорее всего, жили в местах с овражистым рельефом, что для Архангельской области, изрезанной речными долинами, вполне естественно.