Фамилия Ходорковская звучит непривычно для русского уха: сочетание украинской основы с «дворянским» суффиксом -ская создает ощущение загадки. Начнем с имени. В основе лежит имя Ходорко — украинская народная форма канонического имени Феодор. Церковное Феодор восходит к древнегреческому Theodoros, что переводится как «божий дар». В украинской традиции начальное «ф» часто заменялось на «х» или «хв» — так Феодор превращался в Ходора, а уменьшительная форма Ходорко закреплялась за человеком в быту.

Суффикс -ская указывает на модель образования, типичную для украинских фамилий, которые оформлялись по польскому образцу. Такие фамилии часто носили казацкие старшины, шляхта или духовенство. В данном случае фамилию образовали от имени отца или главы семьи: Ходорко → Ходорковский → Ходорковская. Женская форма на -ская закрепилась за представительницами рода, а мужская — Ходорковский — встречается чаще.

Процесс формирования фамилий на украинских землях растянулся на несколько столетий, с XVI по XIX век. Поэтому точно сказать, где именно и когда возник род Ходорковских, можно только после глубоких генеаленических исследований. Сама фамилия не указывает на конкретное село или город — она говорит о происхождении от человека по имени Ходорко, а не от географического названия. Это отличает её от типичных «топонимических» фамилий на -ский, которые часто связаны с названиями поместий.

Любопытно, что фамилия Ходорковская сохранила редкую для русского языка основу. Если бы род обрусел раньше, мы бы увидели форму Ходорков или даже Федоров. Сохранение украинского звучания говорит о том, что предки долго жили в среде, где имя Ходорко было привычным. Сегодня фамилия известна широко, но её носительницы не обязательно связаны с одной семьей — независимо друг от друга в разных регионах Украины и юга России могли появиться несколько родов с одинаковой фамилией.