Имя Ходорко представляет собой украинский вариант имени Фёдор, которое в свою очередь является производной формой имени Феодор. Это имя восходит к древнегреческому theodoros, что значит «божий дар». Суффикс -ская дополнительно указывает на украинское происхождение фамилии Ходорковская. Однако процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Ходорковских можно лишь на основании глубоких и серьезных генеалогических исследований.