Фамилия Ходорковский — одна из тех, где сразу слышна география. Её основа — топоним, то есть название места. Скорее всего, предок носителя фамилии происходил из местечка Ходорков. Такое название действительно существует: это село в Житомирской области Украины, известное с XVI века. Формант -ский указывает на дворянский или шляхетский способ образования фамилий, характерный для польской и западнорусской традиции. В Речи Посполитой фамилии на -ский носили преимущественно землевладельцы, получившие прозвание по названию своего поместья. Так что Ходорковский — это «тот, кто из Ходоркова».

Сам топоним Ходорков, по всей видимости, восходит к личному имени Ходор. Это народная форма крестильного имени Феодор (в просторечии — Хведор, Ходор). Имя Феодор в переводе с греческого означает «дар Божий». Таким образом, в основе фамилии лежит имя первого владельца или основателя поселения. Менее вероятна, но возможна версия от прозвища Ходор, связанного с глаголом «ходить» — так могли назвать странника, ходока или бродячего торговца, но в случае с фамилией на -ский эта версия слабее: такие прозвища обычно давали основы для фамилий на -ов или -ин.

Словообразовательная модель Ходорковский — сложная, двойная суффиксация. Сначала от имени Ходор образовали посессивное прилагательное Ходорков (чей? — Ходоров), а затем добавили суффикс принадлежности к месту -ский. Такая конструкция типична для польской ономастики XVI–XVII веков. В России носители фамилии встречаются редко и, как правило, связаны с украинскими или белорусскими корнями. Известность фамилия получила благодаря одному носителю, но это не меняет её происхождения: это типичная географическая фамилия западнорусского ареала, указывающая на конкретное родовое гнездо.