Фамилия Хохулин образована от мирского имени Хохуля — так в старину в народе называли выхухоль. Давая младенцу такое имя, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, и верили, что к нему перейдут полезные качества этого зверька. Подобные «звериные» имена были обычным делом в дохристианской традиции: они служили оберегом, пряча человека от злых сил под чужим, нечеловеческим именем.

Интересно, что выхухоль в те времена ценилась вовсе не за мех, как можно было бы подумать. До третьей четверти XVII века её добывали исключительно из-за мускусного запаха. Позже секрет мускусных желез стал применяться в парфюмерии как закрепитель запаха духов, и только потом этих животных начали добывать ради меха, который ценился выше бобрового. Так что имя Хохуля звучало для наших предков не смешно, а скорее уважительно — как прозвище человека, связанного с ценным и редким промыслом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Хохулин — это «сын Хохули», потомок человека с этим именем. Модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Та же схема дала фамилии Пушкин (от Пушка), Гагарин (от Гагара) и множество других.

Стоит отметить, что имя Хохуля могло быть не только мирским, но и уличным прозвищем взрослого человека — например, за сходство с выхухолью: неуклюжесть, пугливость или, наоборот, хозяйственность и скрытность. В этом случае фамилия закрепилась за его детьми уже без всякой «природной» магии, просто как семейное прозвание.

Сегодня фамилия встречается редко, что неудивительно: основой послужило диалектное слово, которое в большинстве регионов России вытеснило литературное «выхухоль». Само животное стало редким, а вместе с ним ушла в прошлое и традиция называть людей в его честь.