Фамилия Холдаров образована от узбекского мужского имени Холдар. Оно восходит к существительному «хол», которое означает «родинка». Не исключено, что фамилия Холдаров происходит от прозвища Холдар с аналогичной имени этимологией. Скорее всего, именование Холдар отражает особенности внешности его обладателя. Так могли прозвать того, кто имел очень много родинок, или же того, кто обладал родинкой особой формы, которая располагалась на видном месте. Таким образом, потомок человека, которого звали Холдар, со временем получил фамилию Холдаров.