Фамилия Холенова — женская форма от Холенов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Холен. Основа здесь — прилагательное «холеный», то есть ухоженный, изнеженный, избалованный. В словаре Владимира Даля у слова «холить» есть оттенок не просто заботы, а баловства, даже некоторой изнеженности. Соответственно, Холеном в крестьянской среде могли назвать человека, который следил за собой, одевался чище других, или, напротив, барского любимчика, которого берегли от тяжелой работы.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Холенов — сын Холена. Фамилия эта не из частых, но и не уникальная. Она встречается в центральных областях России, особенно в бывших Владимирской, Ярославской и Костромской губерниях, где говор накладывал отпечаток на произношение: «холеный» могло звучать как «холёный», что закрепилось и в написании фамилии через «ё» у части носителей.

Интересная деталь: в отличие от фамилий, образованных от профессий или внешних признаков (Кузнецов, Рыжов), прозвище Холен могло быть не только описательным, но и ироничным. В среде, где тяжелый физический труд был нормой, «холеный» мужик выделялся — и прозвище могло закрепиться за человеком, который, например, был младшим сыном, освобожденным от полевых работ, или приживалом при барском доме. В таком случае фамилия несет в себе не столько комплимент, сколько насмешливую характеристику, которая со временем стерлась, оставив лишь бытовое значение.

Встречается и версия, что основа могла быть связана с глаголом «холить» в значении «чистить, скрести» (например, коня), но она менее вероятна: прозвища от действий обычно давались по конкретному занятию (Коновалов, Скорняков), а не по отвлеченному признаку. Так что наиболее правдоподобное объяснение — прозвище, данное по характеру или образу жизни, которое затем превратилось в фамилию.