Фамилия Холина образована от нецерковного имени Холя — ласкового прозвища, которое давали горячо любимому, избалованному ребёнку. В основе лежит глагол «холить», то есть «ухаживать, заботиться, лелеять». В старину имя Холя значило «баловень, неженка, холеное дитятко»: родители, желавшие подчеркнуть свою нежность к наследнику, нарекали его именно так.

Впрочем, Холей могли прозвать и взрослого — того, кто жил в довольстве, был окружён заботой и вниманием. Отношение к таким людям в народе было двойственным. С одной стороны, пословица «в холе свинья бока пролежала» высмеивала изнеженность, с другой — «в холе да в почете всяк умен» признавала, что забота идёт человеку на пользу. Так что прозвище могло нести и укоризненный, и одобрительный оттенок.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Холина — «дочь или жена Холи», а в более широком смысле — «из рода Холи». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный: Сытина, Репина, Пушкина. Фамилия фиксируется преимущественно в северных и центральных русских говорах, где слово «холя» и производные от него встречались чаще.

Интересно, что у фамилии есть и менее очевидная версия происхождения — от женского имени Холина, которое в некоторых регионах использовали как самостоятельное. Но она менее распространена, и основным источником всё же остаётся мирское имя или прозвище Холя. Потомки человека, носившего это имя, со временем получили фамилию Холина, сохранив в ней память о том, что их предок был любим и обласкан судьбой.