Фамилия Холобаева образована от имени Холобой, которое представляет собой вариант имени Калбай (Калыбай). Оно переводится с древнетюркского как «с родинкой, имеющий родинку». Элемент «кал», восходит к персидскому существительному «хол», которое означает «родинка». Возможно также, что фамилия Холобаева представляет собой фонетический вариант фамилии Колобаев. В свою очередь фамилия Колобаев образована от прозвища Колобай. Оно ведет свое начало от нарицательного «колоб» - «скатанный ком, шар, груда; небольшой круглый хлебец; толстая лепешка; круглый пирог» и т.п. Не исключено, что Колобаем называли круглого, полного человека. В таком случае прозвище Колобай отмечало особенности характера его обладателя. Так могли называть остроумного, задорного и веселого человека. Таким образом, потомок человека, которого звали Холобай, со временем получил фамилию Холобаев.