Фамилия Холомонова — женская форма фамилии Холомонов, и её разбор стоит начать с мужского варианта, который образован по самой распространённой в русском языке модели: от основы прозвища или имени с помощью суффикса -ов. Суффикс указывает на принадлежность («чей?» — сын Холомона), а значит, в основе лежит личное именование одного из предков — Холомон.

Самая вероятная версия происхождения прозвища Холомон связана с диалектным словом «холомон» или «холомо́на». В русских говорах, особенно северных и сибирских, так называли нерасторопного, медлительного человека, разиню или увальня. Человек, получивший такое прозвище, мог отличаться спокойным, неторопливым нравом или, наоборот, быть объектом добродушного подшучивания за медлительность. Менее вероятна, но возможна связь с украинским «холомо́н» — голодный, тощий, что также могло стать основой для прозвища.

Встречается версия, выводящая фамилию от имени Соломон через народную форму Холомон. В некоторых говорах начальное «с» могло заменяться на «х» (ср. «холява» вместо «солява», или просторечное «Холомон» как вариант библейского имени). Однако это предположение слабее: имя Соломон дало фамилии Соломонов, Соломин, а форма Холомон в качестве крестильного имени почти не фиксируется. Скорее всего, это случайное звуковое совпадение, а не реальный путь образования.

Фамилия Холомонов — редкая, с ярко выраженной региональной привязкой. По данным переписей и архивов, она встречается преимущественно в Вологодской и Архангельской областях, а также в Сибири, куда переселенцы с Русского Севера уходили в XVII–XIX веках. Это косвенно подтверждает диалектную версию: северные говоры — основной ареал бытования слова «холомон».

Таким образом, Холомонова — фамилия, которая скорее всего произошла от прозвища, данного по характеру или внешности, и указывает на предка из северных русских земель. В отличие от фамилий, образованных от церковных имён, она несёт в себе отпечаток народной речи и бытового прозвища, что делает её ценной для изучения региональной ономастики.