Фамилия Холуй звучит вызывающе, и первая мысль — о бранном значении слова «холуй». Но в русском ономастиконе за фамилиями с такой основой стоит не столько оскорбление, сколько прозвище, которое могло закрепиться по разным причинам. Слово «холуй» в древнерусском языке означало слугу, лакея, человека, выполняющего низкую работу, а также могло относиться к прислужнику вообще. Прозвище Холуй давали либо человеку, который служил в богатом доме, либо тому, кто отличался угодливым поведением. Но есть и другая, более нейтральная версия: в некоторых говорах «холуй» — это не только слуга, но и бродяга, не имеющий своего дома, или даже просто парень, холостяк. Встречается и топонимическое объяснение: существует село Холуй в Ивановской области, известное иконописным промыслом. Носитель фамилии мог получить её по месту жительства — выходец из Холуя.

Фамилия образована по типичной модели: прозвище Холуй без дополнительного суффикса, то есть бессуффиксная форма, которая сразу стала фамилией. Такое характерно для прозвищ, которые не требовали переосмысления через отчество. В русской традиции фамилии на -ов, -ин встречаются чаще, но вариант Холуй тоже возможен, хотя и редок. Поскольку слово не было церковным и имело негативный оттенок, фамилия не получила широкого распространения среди дворянства или духовенства. Её носителями были в основном крестьяне и мещане, особенно в центральных губерниях России — Владимирской, Костромской, Ярославской, где и находится село Холуй.

В исторических источниках фамилия фиксируется с XVII века. В Переписной книге Владимирского уезда 1646 года встречается крестьянин Ивашко Холуй. Это подтверждает, что прозвище бытовало задолго до того, как стало фамилией, и не обязательно несло унизительный смысл — скорее, характеризовало социальное положение или род занятий. Сегодня фамилия Холуй остаётся редкой, и её носители, вероятно, помнят о связи с историческим селом или с прозвищным прошлым предков.