Фамилия Холюнова — женская форма, мужская — Холюнов. Она образована по очень простой и прозрачной модели: к основе прозвища или нецерковного имени Холюн добавили типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Холюна). Такие фамилии массово складывались в XV–XVII веках, когда закреплялись за крестьянскими и посадскими родами.

Корень слова — «хол-» (чередование с «холод», «холка», «холить»). Самая вероятная версия: прозвище Холюн дали человеку, которого баловали, нежили, «холили» — то есть изнеженному, любимчику, возможно, младшему сыну в семье. В русских говорах «холя» означала заботу, ласку, достаток. «Холюн» — тот, кто живёт в холе. Прозвище могло быть и ироничным — так могли назвать неженку или, наоборот, привереду.

Менее распространённая, но допустимая версия — связь с диалектным словом «холюн» (или «халюн») в значении «ленивый, вялый человек». В этом случае прозвище носило бытовой, характерологический оттенок. Оба варианта укладываются в традицию давать прозвища по внешним или внутренним качествам.

Фамилия редкая. По доступным данным, Холюновы встречаются в основном на северо-востоке Европейской России — в Кировской области, Пермском крае, Удмуртии. Это указывает на возможное происхождение из вятских или пермских земель, где такие прозвища бытовали в крестьянской среде. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована — перед нами типичная фамилия «из народа», образованная от бытового прозвища.

Однокоренные фамилии — Холин, Хольнов, Холяев — показывают, что основа была продуктивной в разных регионах. При этом Холюнов сохранил редкий суффикс -ун, который в русских прозвищах часто придавал оттенок действия или свойства (ср. Болтун, Молчун, Говорун). То есть Холюн — не просто «тот, кого холят», а скорее «тот, кто любит холиться», «баловень».