Фамилия Холюнов — один из тех случаев, когда основа настолько прозрачна, что сразу подсказывает и происхождение, и характер предка. В её основе лежит древнерусское слово «холя» — забота, нежность, уход, а также производное прилагательное «холёный». Соответственно, прозвище Холя, Холюн или Холун давали человеку изнеженному, избалованному, любившкому комфорт, либо, наоборот, тому, кого в семье особенно лелеяли и берегли.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели с помощью суффикса -ов. Холюнов буквально означает «сын Холюна». Суффикс -ун в основе (Холюн) — типичный для русских прозвищ, обозначающих склонность к какому-либо действию или состоянию: говорун, молчун, хвастун. В данном случае он указывает на человека, который либо сам «холит» (нежит, ухаживает), либо является объектом такой заботы. Второе значение более вероятно: прозвище Холя и Холюн чаще фиксировалось за детьми, которых баловали.

Интересна география фамилии. Холюновы — редкая фамилия, но её очаги встречаются в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. Это северорусский ареал, где диалектное слово «холя» было особенно употребимо. В говорах Русского Севера «холя» означала не только заботу, но и довольство, достаток. Поэтому прозвище могло закрепиться за человеком зажиточным, жившим в достатке, — своего рода «баловень судьбы».

Сравнение с однокоренными фамилиями (Холин, Холяев, Холёнов) показывает, что Холюнов — самая экспрессивная форма. Суффикс -ун придаёт прозвищу оттенок постоянного свойства: не просто «холёный», а «тот, кого всегда холят». В социальном плане предки Холюновых скорее всего были крестьянами или посадскими людьми, поскольку прозвища такого типа в дворянской среде почти не встречались — там предпочитали фамилии по географическим названиям или по имени родоначальника.

Спорных версий у этой фамилии практически нет. Единственная альтернатива — связь с диалектным глаголом «холить» в значении «чистить, скрести» (например, коня), но это значение уже ушло в прошлое и не даёт убедительной картины для прозвища. Самое правдоподобное объяснение — человек, которого берегли, или сам любитель пожить в холе.