Фамилия Хомарова — женская форма, мужской вариант — Хомаров. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Хомар. Здесь сразу возникает вопрос: откуда такое слово? Самая прямая версия — от диалектного «хомар», то есть хомяк. В русских говорах, особенно южных и рязанских, «хомар» или «хомяра» — это и есть хомяк, зверёк, известный своей хозяйственностью и любовью запасать зерно. Прозвище Хомар могли дать человеку приземистому, запасливому или с характерной привычкой надувать щёки. Фамилия образована по стандартной модели с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность: «чей сын?» — Хомаров, то есть сын Хомара.

Менее очевидная, но возможная версия — связь с тюркским корнем. В некоторых тюркских языках «хомар» или близкие слова означают «тоска», «страстное желание», а также «похмелье» (сравните с татарским «хәмер» — хмель, опьянение). Прозвище Хомар могли дать человеку, склонному к меланхолии или, наоборот, к загулам. Однако эта версия слабее: фамилия Хомарова встречается преимущественно в среде русского населения, а не в тюркоязычных регионах, поэтому «хомячья» этимология выглядит убедительнее.

В написании фамилии возможна путаница с Хамов, Хомаров и Хомутов. Хомарова — более редкий вариант, и её носители, скорее всего, происходят из центральных или южнорусских областей, где слово «хомар» было в ходу. Сословно фамилия не указывает на дворянство или духовенство — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, образованная от уличного прозвища. Если искать однокоренные фамилии, то сюда же относятся Хомяков, Хомячков и Хомяк — все они из одного «звериного» гнезда, но Хомарова стоит особняком из-за редкой основы.