Фамилия Хомченков рассказывает о предке, которого звали Хома. Это просторечная форма крестильного имени Фома, а оно, в свою очередь, восходит к арамейскому слову со значением «близнец». С этим именем связан и устойчивый оборот «Фома неверующий» — так говорят о человеке, которого трудно в чём-либо убедить.

Словообразовательная цепочка здесь выстраивается в три ступени. Сначала от имени Хома образовали украинское отчество Хомченко — так называли сына Хомы. А уже от него, когда носитель фамилии оказался в русскоязычной среде, возникла форма Хомченков. По сути, это отчество второго порядка: Хомченков — сын Хомченко и внук Хомы. Суффикс -енко в основе выдает украинское происхождение, а финальное -ов добавилось при русификации, чтобы фамилия вписалась в привычную русскую модель склонения.

Интересно, что имя Фома в народной речи дало множество производных форм, и Хома — одна из самых распространённых. На Украине и в южнорусских областях она бытовала вполне самостоятельно, поэтому и фамилии от неё возникали разные: Хоменко, Хомяков, Хомов. Хомченков стоит в этом ряду особняком — двойное отчество встречается реже, чем простая форма, и потому фамилия звучит более развёрнуто и конкретно указывает на родство через поколение.

Сословной привязки у фамилии нет: отчество от Хомы могли носить и крестьяне, и мещане, и казаки. Географически фамилия тяготеет к регионам, где украинское влияние переплеталось с русским, — Курская, Белгородская, Воронежская области, а также юг России в целом. Точных дат появления фамилии в документах назвать нельзя, но массовое закрепление таких отчеств происходило в XVII–XVIII веках, когда фамилии начали передаваться по наследству и выходить за пределы одного села.