Фамилия Хомей — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а церковное имя, но с неожиданным поворотом. Если сразу смотреть на корень, то он совпадает с именем Хома — просторечной формой канонического имени Фома (от арамейского «близнец»). В русской традиции «Ф» в начале слова часто заменялось на «Х»: Хома, Ховра (Аграфена), Хавронья. Казалось бы, фамилия Хомей должна означать «сын Хомы», то есть потомка человека по имени Фома. Но здесь есть важная деталь: суффикс -ей.

Это не типичный русский суффикс. В русских фамилиях -ей встречается редко и обычно указывает на западное влияние — украинское, белорусское или польское. В украинском языке фамилии на -ей (Хомей, Бондарчук, но с другим суффиксом — тут речь о белорусском -ей) нередко образуются прямо от имени без дополнительного патронимического суффикса: Хома + ей = Хомей, то есть «принадлежащий Хоме», «Хомин». В польском и белорусском варианте -ej — это окончание родительного падежа притяжательных прилагательных. Таким образом, носитель фамилии Хомей — это, скорее всего, выходец с территории современной Беларуси или Украины, где имя Хома было распространено, а фамилия закрепилась именно в такой усечённой форме.

Есть и вторая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Хомей, связанного с глаголом «хомить» — в некоторых говорах это означало «гнуть, мять, делать что-то с трудом» или «тянуть, мешкать». Но такое прозвище — большая редкость, и документальных подтверждений его широкого бытования нет. Поэтому версия с именем Фома остаётся основной.

Фамилия недворянская, нечастотная. В дореволюционных списках встречается в основном среди крестьян и мещан западных губерний. В современной России Хомей — фамилия малочисленная, но устойчивая: её носители живут в основном в центральных областях и на юге страны, куда переселялись белорусские и украинские крестьяне в XIX–XX веках. Ударение, судя по произносительной норме, падает на последний слог — Хоме́й.