Фамилия Хомкина образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Хомкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Хомка. В основе фамилии лежит имя Хомка — народная, разговорная форма крестильного имени Фома. Фома (от арамейского «близнец») в русском быту дал множество производных: Фомка, Фомушка, а в просторечии — Хома, откуда и Хомка. Чередование начальных «ф» и «х» в русских говорах — явление обычное: так Фёдор превращался в Хведор, а Фома — в Хома. Таким образом, Хомкины — это потомки Фомы, которого в деревне или в мещанской среде звали уменьшительно Хомкой.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает прозвище Хомка с диалектным словом «хомка» — так в некоторых областях называли хомяка. Прозвища по названиям животных были широко распространены: Хомяк, Хомка, Хомяков. В этом случае фамилия Хомкина могла закрепиться за человеком, напоминавшим хомяка внешностью или чертами характера — например, запасливостью или округлой фигурой. Однако версия с каноническим именем Фома выглядит более убедительной, поскольку она опирается на массовую модель образования русских фамилий от крестильных имён через уменьшительные формы.

Географически фамилия Хомкина встречается в разных регионах России, но чаще — в центральных и южных областях, где имя Фома было особенно популярно. В дореволюционных источниках носители фамилии упоминаются в среде крестьян и мещан, что типично для фамилий на -ин, закреплявшихся как наследственные в этих сословиях к XVIII–XIX векам. Встречается и вариант Хомкин, а также однокоренные фамилии Хомяков, Хомутов, но они имеют разную этимологию. Хомкина — фамилия, которая прямо говорит о предке: его звали Хомка, и, скорее всего, полным именем он был Фома.