Основой фамилии Хомков послужило церковное имя Хомко. Имени Хомко представляет собой украинскую производную форму крестильного мужского имени Фома, которое в переводе с арамейского означает «близнец». Поэтому выражение «Фома неверующий» стало нарицательным именем для недоверчивого слушателя. Скорее всего, основатель рода Хомко был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Хомко, со временем получил фамилию Хомков.