Фамилия Хомочкина — женская форма фамилии Хомочкин, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени дальнего предка. В основе лежит слово «хомяк», но не в прямом зоологическом смысле, а через уменьшительно-ласкательную форму «хомочка». Так в русских говорах могли называть не только самого зверька, но и домоседа, запасливого или медлительного человека — того, кто, как хомяк, редко выходит из дому или любит делать припасы. В некоторых диалектах «хомякой» называли также ворчливого или угрюмого человека, но форма «хомочка» смягчает это значение: скорее ласковое прозвище для ребёнка или близкого.

Суффикс «-кин» указывает на принадлежность: Хомочкин — это буквально «сын Хомочки». Такая модель образования типична для русских фамилий на «-ин» (от основ на -а, -я) и особенно распространена в северных и центральных областях России. В отличие от фамилий на «-ов», которые чаще встречаются на юге и востоке, «-ин» — это старая притяжательная форма, характерная для новгородских и псковских земель. Таким образом, географические корни Хомочкиных, скорее всего, лежат в северо-западной части России.

Интересно, что фамилия Хомочкин — довольно редкая. В отличие от массовых Хомяковых (от той же основы), форма «Хомочкин» сохранила уменьшительный суффичкс, что делает её более личной, семейной. Если бы прозвище дали взрослому человеку, скорее всего, получился бы Хомяк или Хомяков. А Хомочка — это почти наверняка прозвище ребёнка или подростка, которое потом закрепилось за его потомками. Встречаются также однокоренные фамилии Хомячков, Хомячкин, но Хомочкин стоит особняком из-за чередования «я/о»: «хомяк» перешёл в «хомочка» через народное произношение, где «я» в безударной позиции могло редуцироваться до «о» или «а».

В документах фамилия фиксируется с XIX века, преимущественно в Тверской, Ярославской и Вологодской губерниях. В сословном отношении Хомочкины, как правило, были крестьянами или мещанами. Дворянских ветвей с такой фамилией не обнаружено — это чисто народная, бытовая фамилия, образованная от прозвища, которое давали в деревне.