Фамилия Хомятова — женская форма мужской фамилии Хомятов, и её происхождение стоит искать не в растении «хмель» и не в животном «хомяк», хотя внешнее сходство с ними напрашивается. Основа здесь другая, и она ведёт в мир русских некалендарных имён и прозвищ.

Корень «Хомя-» восходит к древнерусскому имени или прозвищу Хомяк. В старину так называли не только грызуна, но и человека — домоседа, запасливого, немного медлительного или просто полного. Словарь Б. Унбегауна фиксирует фамилии на -як, -яков, -ятов как типичные для прозвищного происхождения. Суффикс -ят- в основе «Хомят-» — редкий вариант: он мог образоваться от уменьшительной формы Хомята (сравните: теля — телята, поросёнок — поросята), то есть «сын Хомяка» или «маленький Хомяк». Модель «имя + -ята» → Хомятов встречается в северных и центральных русских говорах, где такие формы бытовали как патронимы.

Есть и вторая, менее очевидная версия: фамилия могла возникнуть от топонима. В некоторых областях России, особенно в Тверской и Ярославской губерниях, встречаются деревни с названием Хомятово. Житель такой деревни получал прозвище «хомятовский», которое со временем сократилось до Хомятов. Однако это предположение слабее: прозвищная версия объясняет суффикс -ят- естественнее, чем топонимическая.

Интересно, что фамилия Хомятова не связана с профессиональным прозвищем — в отличие от, скажем, Кузнецова или Плотникова. Её носители в XVI–XVII веках скорее всего были крестьянами или посадскими людьми, а не дворянами: фамилии на -ятов редко встречаются в родословных книгах знати. В архивных записях по Переславлю-Залесскому за 1620-е годы упоминается крестьянин Хомяк, что косвенно подтверждает бытование такого имени в среде непривилегированных сословий.

В современном русском языке фамилия остаётся редкой, но её основа даёт чёткий портрет предка: это был человек, которого в округе знали по прозвищу Хомяк — возможно, за любовь к дому или за округлые формы. Никакой тайны или запутанной этимологии здесь нет, только живое народное слово.