Фамилия Хортюнов — редкая, и её разбор требует внимания к деталям, которые у других фамилий часто не встречаются. Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ов указывает на принадлежность, то есть Хортюнов — это «сын Хортюна» или «из семьи Хортюна». Но вся сложность в основе — Хортюн.

Первое, что приходит на ум: основа Хорт- может быть связана с диалектным словом «хорт» (или «хортюк»). В южнорусских и украинских говорах «хорт» — это волк или, в переносном смысле, злой, хитрый человек. В украинском языке «хорт» означает борзую собаку, охотничьего пса. Если принять эту версию, то Хортюн — это либо человек, похожий на волка или собаку (прозвище по характеру или внешности), либо охотник, державший борзых.

Вторая версия — от имени собственного. В древнерусских именах встречалось имя Хорт, которое могло быть языческим или прозвищным. Суффикс -юн (-ун) в русских фамилиях часто образует прозвища по действию или качеству: говорун, бегун, скакун. Хортюн — это «тот, кто хортит», то есть, возможно, «ворчит», «рычит» или «злится» (от глагола «хортиться» — сердиться, капризничать, в некоторых говорах). Такое прозвище могли дать человеку с неуживчивым, ворчливым характером.

Третья, менее вероятная, но возможная версия — от названия растения «хорт» или «хортюк» (вид полыни или бурьяна). В этом случае прозвище могло относиться к человеку, жившему в зарослях или занимавшемуся травничеством. Но эта гипотеза слабее, так как не подкреплена широкой ономастической традицией.

Географически фамилия Хортюнов встречается редко, но её следы ведут в южные регионы России и Украину — области, где «хорт» было живым словом. Сословно носители могли быть крестьянами или казаками: прозвища на -ун и -юн типичны для простонародной среды. В дворянских родах такая фамилия почти не фиксируется.

Таким образом, наиболее правдоподобно происхождение от прозвища Хортюн, связанного либо с волком/собакой (сила, злость, охота), либо с ворчливым характером. Фамилия сохранила редкую основу, которая в современном языке почти вышла из употребления, но в XVI–XVIII веках была вполне понятна носителям говоров.