Фамилия Хортюнова — женская форма от Хортюнов, и её разумнее разбирать в мужском варианте, поскольку именно он хранит исходную основу. В центре внимания здесь не географическая привязка (она почти не встречается в массовых списках), а словообразовательная аномалия: суффикс -юн- в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и обычно указывает на прозвище, образованное от глагольного корня.

Корень «хорт-» ведёт к двум версиям, и обе имеют равное право на существование. Первая — самая прямая: древнерусское «хорт» (борзая собака, гончая). В диалектах слово бытовало в значении «быстрый, резвый человек» или даже «ловкий плут». Вторая версия связывает основу с тюркскими языками: «хорт» или «курт» — волк, хищник. В южнорусских степях, где контакт с тюркским населением был плотным, такое прозвище могло прижиться. Спор решается просто: если фамилия встречается в центральных и северных областях России, версия с собакой надёжнее; если на юге (Курская, Воронежская области) — тюркский след не исключён.

Суффикс -юн- в основе «Хортюн» характерен для прозвищ, обозначающих деятеля: «хортюн» — тот, кто похож на хорта, кто ведёт себя как хорт (резво, настырно, хищно). Такая модель типична для русских фамилий на -ов, образованных от прозвищ с суффиксом -ун/-юн: например, Бегун — Бегунов, Хортюн — Хортюнов. Фамилия не дворянская и не крестьянская по происхождению — она могла возникнуть в среде служилых людей, казаков или вольных поселенцев, где прозвища давали по характеру или внешности.

Известных носителей с этой фамилией в открытых источниках не зафиксировано, что говорит о её редкости и локальном бытовании. Возможно, она сохранилась в одном-двух родах, не рассеявшись по стране. Встретить Хортюновых можно скорее в архивах XIX века по Курской, Орловской или Тамбовской губерниям — именно там прозвищные фамилии с тюркскими и диалектными корнями не редкость.