Фамилия Хоругжая — редкий случай, когда основа слова почти наверняка отсылает к церковной, а не бытовой сфере. В её центре лежит слово «хоругвь» — религиозное знамя с изображением Христа, Богородицы или святых, которое выносят во время крестных ходов. Человек, нёсший хоругвь, назывался хоругвеносцем, но в разговорной речи закрепилась более короткая форма — «хоругжий». Фамилия Хоругжая — это женская форма от Хоругжий, образованная по модели «чей?»: чья? — Хоругжая. Такое окончание характерно для южнорусских и украинских фамилий на -ий/-ая, которые часто встречаются в казачьей среде.

Если разбирать словообразовательную цепочку, то перед нами не суффиксальная фамилия (вроде Хоругвин или Хоругвёв), а адъективная: прилагательное «хоругжий» напрямую перешло в фамилию. Это говорит о том, что предок носителя не просто имел отношение к хоругви, а, скорее всего, занимал определённую должность или имел устойчивое прозвище, которое закрепилось за родом. В русских говорах слово «хоругвь» могло звучать как «хоругва», отсюда же и фамилия Хоругвенко, но форма Хоругжая сохранила более книжное, церковнославянское звучание.

Вероятнее всего, первые носители фамилии жили на территориях, где была сильна казачья традиция или где церковные процессии играли заметную роль в общественной жизни — например, в Черниговской, Полтавской, Харьковской губерниях. Там фамилии на -ий/-ая встречаются куда чаще, чем в северных областях. Поскольку должность хоругженосца была почётной (её доверяли уважаемым прихожанам или заслуженным казакам), фамилия могла указывать на определённый социальный статус предка, пусть и не дворянский.

Среди однокоренных фамилий стоит назвать Хоругвин (с суффиксом -ин, указывающим на прямое родство: сын хоругвеносца) и Хоругвёв (с суффиксом -ев, характерным для фамилий от прозвищ на мягкий согласный). Хоругжая стоит особняком: она не рассказывает о сыне или внуке, а называет самого человека — точнее, женщину из рода Хоругжих. В современных документах фамилия встречается редко, но её прозрачная этимология делает историю семьи читаемой без специальных словарей.