Фамилия Хорунжая — это женская форма фамилии Хорунжий, и ее происхождение напрямую связано с военной должностью, а не с личным именем или ремеслом. В основе лежит прозвище Хорунжий, которое восходит к слову «хоругвь» — то есть знамя, стяг, прапор. Такой человек был знаменосцем, хранителем боевого знамени.

Сама должность хорунжего имеет долгую историю. С XIV века в Польше и соседних землях «хорунжим полка» называли офицера, который руководил ополчением одного повета — административной единицы. Это ополчение называлось хоругвью, потому что каждый повет выставлял отдельную боевую единицу со своим знаменем. Командовал этим подразделением именно хорунжий, что делало его заметной и уважаемой фигурой.

С XVI века должность хорунжего прочно закрепилась у казаков — сначала в общинах, затем в казачьих войсках. Там хорунжий был войсковой должностью, которая позже, в 1722 году, была официально закреплена в Табели о рангах. Это означало, что хорунжий становился не просто выборным командиром, а частью государственной военной иерархии, получая чин, соответствующий младшему офицерскому составу.

Прозвище Хорунжий, изначально присоединенное к наследственному имени, со временем полностью заменило его в повседневной жизни и в официальных документах. Так потомки человека, носившего это звание или прозвище, стали писаться Хорунжими, а их дочери и жены — Хорунжими. Сама фамилия Хорунжая, таким образом, указывает на то, что ее носительница — из рода, где предок был знаменосцем или младшим офицером, отвечавшим за хоругвь.

Интересно, что эта фамилия — не только русская. Она бытует у украинцев, белорусов и поляков, где слово «хорунжий» имело схожее значение. В польской традиции хорунжий — это также придворный чин, хранитель знамени, что еще раз подчеркивает связь фамилии с военным делом и почетной службой. Слово «хоругвь» в древнерусском языке означало также церковное знамя, что добавляет фамилии еще один смысловой оттенок — связь с воинской славой и символом, под которым собирались воины.