Фамилия Хорунжин напрямую рассказывает о военном прошлом предков. В её основе лежит прозвище Хорунжий, которое в старину давали знаменщику — человеку, носившему военную хоругвь (знамя). Позже это слово закрепилось как воинский чин: хорунжим называли прапорщика или корнета в казачьих войсках. Таким образом, прозвище относится к «профессиональным» именованиям: оно указывало на род деятельности основателя рода.

Суффикс -ин в фамилии — типичный для русской ономастики: он отвечает на вопрос «чей?» и означает «сын, потомок Хорунжего». Такая модель образования встречается у фамилий, произошедших от прозвищ или профессий, которые заканчивались на мягкий согласный или -ий. Сравните с фамилиями Княжин (от княжий) или Стрельцин (от стрелец). Интересно, что здесь сохранилось старое окончание «-ий» в основе, которое при добавлении суффикса перешло в «-ин», а не в более распространённое «-ов» (как в фамилии Хорунжев, которая тоже существует и образована от той же основы, но по другой модели).

Прозвище Хорунжий могло закрепиться за человеком не только как официальное обозначение должности, но и как бытовое именование — так на Дону и в Запорожской Сечи могли звать уважаемого воина, даже если он не дослужился до чина. Со временем прозвище перешло в фамилию, и потомки человека по прозвищу Хорунжий стали писаться Хорунжиными.

Среди носителей фамилии есть люди, продолжившие интеллектуальную традицию рода. Известен Владимир Степанович Хорунжин — современный российский учёный, доктор технических наук, профессор, член-корреспондент Российской Академии Естествознания. Его деятельность показывает, что фамилия, родившаяся в военной среде, сегодня не мешает её носителям добиваться успеха в науке.