Фамилия Хорунин — довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или мирским именем Хоруня. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: Хорунин буквально означает «сын Хоруни» или «человек из рода Хоруни». Основа здесь нестандартная, и чтобы понять её смысл, нужно заглянуть в диалектную лексику.

Скорее всего, в основе лежит слово «хору́н» или «хору́нь». В южнорусских и украинских говорах так называли хорунжего — знаменосца, человека, который нёс хоругвь (военное знамя). В казачьей среде, особенно на Дону и Кубани, хорунжий был младшим офицерским чином. Если предок нёс знамя или командовал знамённым взводом, его могли прозвать Хоруней, а потомков записать как Хоруниных. Это самое правдоподобное объяснение: фамилия могла возникнуть в казачьих областях или на границе с Украиной, где слово «хорунжий» было в ходу.

Есть и менее очевидная версия, связанная с диалектным глаголом «хорунить» — в некоторых говорах это значило «горбиться», «сутулиться» или «ходить сгорбившись». Тогда Хоруня — прозвище сутулого человека. Однако эта гипотеза слабее: фамилий от глаголов движения или осанки с таким суффиксом в русском языке немного, а вот профессиональные прозвища (Знаменосцев, Хорунжих, Прапорщиков) — типичная модель. Поэтому версия с военным чином выглядит убедительнее.

Фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, но чаще её можно встретить в Ростовской области, Краснодарском крае и на юге Центральной России — то есть там, где исторически было сильно казачество. В дореволюционных переписях Хорунины не относились к дворянству: это фамилия служилых людей, казаков или крестьян, получивших прозвище по должности. В отличие от фамилий на -ский, которые часто давали духовенству или шляхте, суффикс -ин здесь указывает на простое, народное происхождение.