Фамилия Хорунова — женская форма фамилии Хорунов, и её происхождение напрямую связано с военной историей России. В основе лежит слово «хорунжий» — это казачий чин, соответствовавший прапорщику или корнету, а также знаменосец в польско-литовских войсках. На Дону, Кубани и в Запорожье хорунжий нёс знамя (хоругвь) и был уважаемым командиром. Таким образом, первый носитель фамилии Хорунов — скорее всего, потомок или прислуга человека, дослужившегося до этого чина, либо сам хорунжий, получивший прозвище по должности.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе «хорун» (сокращённая форма от «хорунжий»). Ударение в фамилии, как правило, падает на второй слог: Хоруно́ва. Встречается и вариант с ударением на первый — Хо́рунова, но он менее характерен для южнорусских и казачьих говоров, где чин произносили с акцентом на «у».

Географически фамилия Хорунова чаще всего встречается в Ростовской области, Краснодарском крае, на Украине и в Белоруссии — то есть в регионах, где было развито казачество. В центральной России она редка, что подтверждает её «военно-территориальное» происхождение. Интересно, что в польском языке слово «chorąży» сохранило то же значение, и фамилия Хорун (без суффикса) распространена в Польше; русский вариант с -ов — это адаптация под местную словообразовательную норму.

Не стоит путать Хорунову с фамилией Хорунжий — та является неизменяемой и более поздней по происхождению, а Хорунова прошла полный цикл русификации: от прозвища до отчества и фамилии. Если ваши предки носили эту фамилию, велика вероятность, что среди них были донские или кубанские казаки, а сама фамилия — память о военной службе, а не о ремесле или личном качестве.