Фамилия Хорунина — женская форма, а её мужской вариант — Хорунин. В русской традиции такие фамилии образуются с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Хорунин, то есть потомок человека по прозвищу или имени Хоруня.

Основа фамилии — слово «хорун» или «хоруня». Здесь сразу две версии, и обе имеют право на жизнь. Первая и наиболее вероятная: «хорун» — это диалектное или искажённое «хорунжий». Хорунжий на Руси и в казачьей среде — знаменосец, младший офицерский чин. Прозвище Хоруня могли дать либо человеку, который нёс знамя, либо тому, кто служил при хорунжем, либо просто обладателю гордой, военной выправки. Вторая версия отсылает к слову «хорун» в значении «петух» или «крикун» — в некоторых южнорусских говорах так называли задиристого, голосистого человека. Оба толкования ведут к прозвищу, которое закрепилось за родоначальником.

Суффикс -ин в фамилии Хорунин типичен для северных и центральных регионов России, а также для территорий, где была распространена «белая» (недворянская) фамильная модель. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от названий профессий или имён на твёрдый согласный, -ин характерен для основ, оканчивающихся на -а/-я. «Хоруня» — как раз такой случай.

Интересно, что фамилия Хорунин встречается реже, чем однокоренные Хоружий или Хорунжий. Возможно, это говорит о том, что предки носителей фамилии жили в местности, где слово «хорун» бытовало в бытовом, а не официальном значении. Также нельзя исключать, что фамилия могла возникнуть от личного имени Хорун (редкое, но фиксируемое в старых документах), которое, в свою очередь, является сокращением от церковного имени Хорин или производным от греческого «хорос» (хор, пение). Однако эта версия менее убедительна: для прямого заимствования из греческого слишком много фонетических изменений.

Географически фамилия Хорунина чаще встречается в Курской, Белгородской и Воронежской областях — там, где сильны казачьи традиции и где слово «хорунжий» было на слуху. Встречается она и на Урале, куда переселенцы принесли прозвище с собой. Таким образом, скорее всего, предки носителей фамилии были либо служилыми людьми (казаками или стрельцами), либо крестьянами, получившими прозвище за характер или внешность.