Фамилия Хорунженко напрямую связана с казачьей военной должностью хорунжего. В основе лежит прозвище Хорунжий, которое восходит к слову «хоругвь» — знамя, стяг, воинский значок. Так что буквально фамилию можно перевести как «сын знаменосца» или «потомок того, кто носил знамя».

Должность хорунжего появилась у казаков ещё в XVI веке, сначала в вольных общинах, а затем закрепилась в казачьих войсках. В 1722 году её официально внесли в Табель о рангах, что сделало звание частью государственной военной иерархии. Хорунжий отвечал за знамя полка или сотни — символ чести и боевого духа, поэтому должность считалась почётной и требовала безупречной репутации.

Суффикс «-енко» указывает на украинское происхождение фамилии и типичен для южнорусских земель, особенно для территорий бывшей Запорожской Сечи и Слобожанщины. Первоначально такие формы означали «сын такого-то»: Хорунженко — сын Хорунжего. Со временем отчество закрепилось как наследственное родовое имя.

Прозвище Хорунжий, изначально присоединённое к наследственному имени, со временем полностью вытеснило его и в быту, и в официальных документах. Это обычная практика для казачьей среды, где воинское звание или должность нередко становились главным идентификатором человека.

Встречаются и однокоренные фамилии — Хорунжий, Хорунжин, Хорунжак. Форма Хорунженко — одна из самых распространённых, поскольку украинская модель на «-енко» оказалась очень продуктивной. Носители фамилии, скорее всего, происходят из казачьих родов, где предки несли службу при знамени или имели отношение к войсковой администрации.

Точных сведений о конкретных исторических личностях с этой фамилией в открытых источниках мало, но сама словообразовательная модель и исторический контекст позволяют уверенно говорить о происхождении. Фамилия звучит как напоминание о военной доблести и верности знамени — качествах, которые ценились в казачьей среде превыше всего.