Фамилия Хорунженков — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а чин, да ещё и с двойным суффиксальным «наращением». Если разобрать её по составу, сразу видно, что перед нами не первичное прозвище, а вторичная фамилия, образованная от более старой фамилии Хорунженко или прозвища Хорунжий.

Корень — «хорунж-», восходящий к слову «хорунжий». В Русском царстве и Российской империи хорунжий — это знаменосец, а в казачьих войсках — первый офицерский чин, соответствующий подпоручику. Суффикс «-енк-» (в украинском варианте — «-енко») типичен для украинской и южнорусской модели образования фамилий: он указывал на потомка или сына человека, названного по основе. Таким образом, Хорунженко — это буквально «сын хорунжего». А вот финальный суффикс «-ов» уже «обрусел» фамилию, адаптировав её к великорусской модели склонения и притяжательности. То есть Хорунженков — это «чей?» — сын того, кто был Хорунженко.

Такая двойная суффиксация — характерная черта фамилий, которые формировались на стыке украинской и русской традиций. Обычно это происходило при переселении или при записи в ревизские сказки: местный писарь слышал фамилию на «-енко», но по привычке добавлял к ней русское окончание. Географически фамилия Хорунженков встречается в основном в бывших казачьих областях — на Дону, Кубани, в Ставрополье, а также в южных губерниях России, куда активно мигрировали малороссийские казаки.

Есть и более простая, хотя и менее вероятная версия: фамилия могла произойти напрямую от прозвища Хорунженок — так могли называть мальчика, подростка, который прислуживал хорунжему или был его сыном. В таком случае суффикс «-енок» указывает на возраст или подчинённое положение, а «-ов» снова закрепил форму. Но в реальных документах форма «Хорунженок» почти не встречается, а «Хорунженко» — очень распространённая украинская фамилия. Поэтому правильнее считать Хорунженкова «обрусевшим» потомком украинского казака, носившего чин хорунжего или получившего прозвище по отцу-офицеру.