Фамилия Хотынцева — женская форма фамилии Хотынцев, которая образована от прозвища или имени Хотынец. Ключевой элемент здесь — суффикс -ец, который в русской ономастике указывает на принадлежность к местности или коллективу. Если Хотынец — это человек из места под названием Хотынь (или Хотын), то фамилия могла возникнуть как «выходец из Хотыни». Такие топонимы встречаются в России: например, деревни Хотынь в Брянской и Новгородской областях, а также Хотынец — посёлок в Орловской области. В этом случае предок носителя фамилии был переселенцем, которого соседи запомнили по месту прежнего жительства.

Однако возможна и другая версия, более личная. Основа Хот- восходит к древнерусскому имени Хотен (или Хотин), которое в народной речи могло приобрести форму Хотынец. Имя Хотен известно из былин — так звали богатыря, сына Блуда. В основе имени лежит глагол «хотеть» — то есть Хотен означал «желанный, долгожданный ребёнок». Суффикс -ец в этом случае уменьшительно-ласкательный: Хотынец — это «маленький Хотен». Фамилия Хотынцев (и, соответственно, Хотынцева) фиксируется в писцовых книгах XVI–XVII веков, в основном на северо-западе Руси — в Новгородской и Псковской землях. Там же встречаются и однокоренные фамилии: Хотин, Хотинов, Хотенов.

Таким образом, Хотынцева — фамилия, указывающая либо на географическое происхождение (из местности с корнем Хот-), либо на родовое прозвище от имени Хотен. Второй вариант кажется более правдоподобным, учитывая распространённость личных имён с основой «хот-» в древнерусской антропонимике.