Фамилия Ховайко образована от прозвища Ховай. Оно же, скорее всего, восходит к украинскому диалектному глаголу «ховати», который переводится как «воспитывать». Вполне вероятно, что основатель рода Ховайко был заботливым отцом, который много времени уделял воспитанию своих детей. Согласно другой гипотезе, прозвище Ховай этимологически связано с русским глаголом «ховать», то есть «прятать». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище отражало особенности характера и поведения родоначальника фамилии (например, скрытность). Суффикс -ко, с помощью которого образована фамилия Ховайко, указывает на украинское или белорусское происхождение. Так и прозвище Ховай закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Ховайко. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ховай, со временем получил фамилию Ховайко.