Фамилия Ховенко звучит как типичная украинская, и это первое, что бросается в глаза. Суффикс -енко, означающий «сын» или «потомок», в XVII–XVIII веках массово закрепился на Левобережной Украине, вытеснив более архаичные формы. Так что носитель фамилии — почти наверняка потомок человека, которого в миру звали Хово.

С прозвищем Хово сложнее: в украинском языке нет прямого слова с таким значением. Самая рабочая версия — это фонетическая переделка имени Хома (Фома). В украинских говорах «х» могло заменять «ф» в заимствованных именах: Хома, Хведько, Ховра. Хово — это уменьшительно-ласкательная форма от Хома, как Миша от Михаил. Тогда Ховенко — буквально «сын Ховы (Фомы)».

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая — связь с глаголом «ховати» (прятать, хранить). Если человека прозвали Хова за скрытность или запасливость, то отчество могло дать Ховенко. Однако прозвища от «ховати» чаще давали в форме Ховайло или Хованець, а короткое Хово для этого нехарактерно.

Географически фамилия привязана к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Сумщине. В XIX веке Ховенко встречалась в метрических книгах преимущественно среди казачьего и крестьянского сословия. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «народное» происхождение от прозвища или крестильного имени.

В русском языке фамилию часто произносят с ударением на второй слог — Хове́нко, хотя по украинской норме ударение падает на первый: Хо́венко. Эта разница — типичный след адаптации фамилии в иноязычной среде.