Фамилия Ховдун — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить случайные совпадения, её основа не лежит на поверхности. В русском языке нет слова «ховдун», и это сразу подсказывает, что корни фамилии, скорее всего, иноязычные.

Самый вероятный путь — тюркское происхождение. В тюркских языках есть основа «хов» или «ховду», связанная с понятием «сухой», «высохший», «высушенный». В таком случае «ховдун» могло быть прозвищем человека, который занимался сушкой чего-либо (например, рыбы, фруктов, табака) или жил в засушливой, безводной местности. Суффикс «-ун» в тюркских языках часто образует названия деятеля или признака, так что Ховдун — это «сушёный» или «тот, кто сушит». Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с украинским или белорусским диалектным словом «ховда» — так могли называть неопрятного, неряшливого человека. Но эта гипотеза слабее: слово «ховда» редкое и не даёт естественного объяснения суффиксу «-ун», который в восточнославянских фамилиях обычно указывает на деятеля (бегун, говорун).

Географически фамилия Ховдун встречается в основном на юге России, в Краснодарском крае и Ростовской области, а также в Крыму. Это регионы с сильным тюркским субстратом, где фамилии подобного типа не редкость. Например, есть однокоренные фамилии Ховдус, Ховдуй, что подтверждает связь с тюркской основой. Социальный состав носителей фамилии в XIX веке, судя по доступным данным, был преимущественно крестьянским или казачьим — никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, Ховдун — фамилия-прозвище, скорее всего, тюркского происхождения, указывающая на род занятий или особенность места жительства предка. Она невелика по числу носителей, но её история уходит в степные и причерноморские территории, где веками смешивались языки и культуры.