Фамилия Ховхун — редкий пример, где украинское словообразовательное гнездо столкнулось с тюркским звучанием. Её основа — диалектное украинское «ховхун» или «хохвун», что означает «хохол» или «чуб». В южнорусских и украинских говорах так называли человека с непокорными, торчащими волосами, возможно, с длинным чубом, который носили запорожские казаки. Слово родственно «хохол» — прозвищу, которое в XVI–XVII веках закрепилось за украинцами, но в основе фамилии лежит именно внешний признак, а не этническая принадлежность.

Модель образования проста: суффикс -ун в украинских фамилиях активен и придаёт оттенок деятеля или носителя признака (ср. «крикун», «мовчун»). Ховхун — буквально «тот, у кого ховх (чуб)». Фамилия не получила типичных русских окончаний -ов или -ин, что указывает на её формирование в среде, где украинская антропонимическая традиция осталась без адаптации: скорее всего, предки были казаками или крестьянами из центральной или восточной Украины.

Географически фамилия тяготеет к Полтавской, Черкасской и Харьковской областям, реже встречается в южных регионах России, куда переселялись украинцы в XVIII–XIX веках. В переписях и метрических книгах XIX века Ховхуны часто записаны как государственные крестьяне или казаки — сословия, где прозвища по внешности были особенно распространены.

Интересная деталь: в некоторых говорах «ховхун» могло означать не только чуб, но и «пустозвон» или «хвастун» (от «ховхати» — говорить громко, бахвалиться). Поэтому не исключено, что фамилия могла закрепиться за болтливым или хвастливым человеком. Однако первая версия — по причёске — более надёжна, так как прозвища по внешности в крестьянской среде были первичными и часто переходили в фамилии без изменений.

Сравните с однокоренными: Ховхлов, Хохлов, Ховхунов — все они восходят к тому же корню, но Ховхун сохранил исходную форму без суффикса -ов, что делает его старше по модели. Фамилия не получила широкой известности, но её носители — живое свидетельство того, как украинское слово, обозначавшее простую деталь облика, стало родовым именем.