Фамилия Ховхунов звучит необычно, и вопрос о её происхождении имеет как минимум два ответа. Чаще всего её связывают с прозвищем Ховхун (или Хавхун), которое, в свою очередь, выводят из украинского глагола «хавкати». В разных говорах это слово означало «жадно есть», «громко кричать» или «издавать приглушённые, захлёбывающиеся звуки». Проще говоря, прозвище могло закрепиться за человеком с отменным аппетитом либо за тем, кто говорил необычно громко или, наоборот, неразборчиво.

Здесь стоит обратить внимание на важную деталь: скорее всего, первоначальная форма прозвища звучала как Хавхун. Переход в Ховхун произошёл под влиянием «окающих» говоров русского языка, где безударный «а» произносится как «о». Так фамилия «обрусела» и приобрела современное звучание. Сама же модель образования проста: к прозвищу добавили типичный русский суффикс -ов, что дало ответ на вопрос «чей ты будешь?» — сын Ховхуна.

Существует и менее вероятная, но любопытная версия, которая уводит нас на юг, в среду казаков, живших в предгорьях Кавказа. Согласно этой гипотезе, прозвище Ховхун могло изначально не иметь ничего общего с едой и криком. Его выводят из чеченского слова «ховха», что значит «нежный» или «приятный». В таком случае фамилия могла бы указывать на мягкий характер предка или на то, как его ласково называли окружающие. Однако эта версия выглядит менее убедительной: слишком велик разрыв между звучанием и семантикой, к тому же украинская основа объясняет слово гораздо естественнее.

Если опираться на первую, более правдоподобную версию, то перед нами типичная «прозвищная» фамилия, каких много в русском и украинском ономастиконе. Предок Ховхуновых, судя по всему, был человеком заметным — либо с богатырским аппетитом, либо с громким голосом, который выделял его среди односельчан. Такие прозвища давались не в обиду, а как меткая бытовая характеристика, и со временем они закреплялись за потомками уже как официальное родовое имя.