Фамилия Ховхунов образована от прозвища Ховхун (Хавхун). Вероятно, оно происходит от украинского глагола «хавкати», который имел несколько значений: «жадно есть», «кричать, орать», «издавать своеобразные приглушенные звуки». Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Ховхуновых много ел или обладал громким голосом, своеобразной манерой речи. Скорее всего, изначально это прозвище звучало как Хавхун, позднее, под влиянием «окающих» говоров русского языка, произошла замена гласного «а» на «о». Менее вероятно, что фамилия Ховхун зародилась в среде казаков, живших в предгорьях Кавказа. В этом случае она изначально могла звучать как Ховхун и была образована от чеченского слова «ховха» - «нежный, приятный».