Фамилия Ховрунов — одна из тех, чей корень сразу наводит на мысль о диалектном слове или профессиональном прозвище. В её основе, скорее всего, лежит неканоническое имя или прозвище Ховрун. В русских говорах слово «ховрун» или «ховря» имело несколько значений, и все они связаны с характером или внешностью человека.

Самая вероятная версия отсылает к глаголу «ховрить» — в ряде областей (особенно южнорусских) это означало «говорить невнятно, картавить, гнусавить». Соответственно, Ховруном могли прозвать человека с нечистой речью, шепелявого или того, кто говорил «в нос». Вторая версия, менее распространённая, но тоже возможная, — от слова «ховря» в значении «неряха, растрёпа». В таком случае прозвище давали неопрятному, небрежно одетому человеку.

Морфологически фамилия прозрачна: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Ховрунов — сын или потомок Ховруна. Модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ, и не несёт дополнительной сословной нагрузки: такую фамилию мог получить и крестьянин, и посадский человек.

Фамилия редкая. В исторических документах она почти не встречается, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение — прозвище Ховрун могло бытовать в узком регионе. Встречаются однокоренные варианты: Ховрунов, Ховрин, Ховронин. Последние две, кстати, могут быть связаны с женским именем Ховронья (просторечная форма Февронии), но для Ховрунова эта связь менее вероятна: суффикс -ун указывает на деятеля, а не на производное от имени.

Таким образом, предок носителя фамилии Ховрунов, по всей видимости, получил прозвище за особенность речи или, реже, за неопрятный вид. Фамилия сохранила память о живом народном слове, которое сегодня почти вышло из употребления.