Фамилия Ховроненко — один из тех случаев, когда за украинским суффиксом скрывается греческое имя. Основа здесь — каноническое имя Ховрон (или Хаврон), которое в русской и украинской традиции стало народной формой имени Амвросий. В переводе с греческого Амвросий означает «бессмертный, принадлежащий богам» — эпитет, относившийся к пище олимпийцев, амброзии.

Суффикс -енко — классический украинский патронимический показатель, означающий «маленький», «сын» или «потомок». В XVII–XVIII веках, когда фамилии на -енко активно формировались в среде казачества и крестьянства Левобережной Украины, Ховроненко буквально значило «сын Ховрона». В реестрах Запорожского войска и метрических книгах Полтавщины и Черниговщины такие фамилии фиксировали принадлежность к роду, где отца звали не полным церковным именем, а его обиходным вариантом.

Интересная деталь: форма Ховрон встречается реже, чем более привычное Хаврон (отсюда фамилии Хавроненко, Хавроньин). Вариант с «о» в первом слоге мог возникнуть под влиянием акающих говоров юга России или быть результатом записи фамилии писцом «на слух». В украинской ономастике такие колебания «о/а» в безударной позиции — обычное дело, поэтому обе формы (Ховроненко и Хавроненко) стоит считать родственными.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были казаками или крестьянами. Среди дворянства фамилии на -енко почти не встречались — это маркер простонародного происхождения. В современной Украине фамилия распространена неравномерно, чаще всего фиксируется в центральных и северных областях, где исторически была сильна традиция патронимов на -енко.

Если искать параллели, то к этому же корню восходят фамилии Ховронов, Хавронов и более редкая Ховронский. Но именно форма Ховроненко сохранила в себе и украинскую модель образования, и редкое имя, которое сегодня почти вышло из употребления.