Фамилия Ховронин — одна из тех, что на первый взгляд кажутся простыми, но при ближайшем рассмотрении таят неожиданный поворот. Корень здесь — не «ховра», как могло бы показаться, а разговорная форма канонического имени Хаврония. В народной речи имя Хаврония, женский вариант от Хавроний (греч. «благой», «добрый»), часто произносили как Ховрония. Отсюда и пошла цепочка: уменьшительная форма Ховроня, а затем — отчество-фамилия Ховронин, то есть «сын Ховрони». Модель образования типична для русских фамилий на -ин, которые происходят от основ на -а/-я.

Интересно, что фамилия Ховронин может иметь и второе, более редкое объяснение. В некоторых говорах «ховроня» или «ховрошка» — прозвище неопрятного, неряшливого человека. Это связано с тем же именем Хаврония: в народной культуре имя могло ассоциироваться с хрюканьем свиньи (сравните: «хавронья» — свинья), что и дало прозвище. Однако для фамилии Ховронин эта версия менее вероятна — суффикс -ин указывает на прямое отчество, а не на прозвищное происхождение. Если бы фамилия образовалась от прозвища, она скорее звучала бы как Ховроньин или Ховрошин.

Географически фамилия встречается в центральных и южных регионах России, где имя Хаврония было популярно в крестьянской среде до XIX века. В отличие от фамилий вроде Ховрин или Ховро, которые могут быть связаны с топонимами, Ховронин однозначно восходит к личному имени. Сословно это фамилия крестьянская или мещанская: в дворянских родах такие формы на -ин от женских имён почти не встречались.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования от женских имён описаны как характерные для северных и центральных губерний, где отчество от матери (матроним) иногда заменяло отчество от отца. Ховронин — именно такой случай: предок носил отчество по матери, Хавронье, что в патриархальной среде было скорее исключением, но встречалось, если мать была главой семьи или отец рано умер. Таким образом, фамилия хранит память о конкретной женщине, чьё имя в народном произношении закрепилось за целым родом.