Фамилия Ховроненкова — редкий пример, где женская форма закрепилась как основная, а не как производная от мужской. В русской традиции фамилии на -ов, -ев, -ин склоняются по падежам, и Ховроненкова — это форма родительного падежа от мужской Ховроненков, которая со временем стала самостоятельной. Но в бытовом восприятии она чаще осознаётся как женская, особенно в сёлах, где женщину могли записать по отцу: «дочь Ховроненка».

Корень фамилии — Ховрон-, это народная форма крестильного имени Хаврония (женский вариант от Хавроний, греческого происхождения, означающего «благонравный»). В русских говорах имя Хаврония упрощалось до Ховронья, а уменьшительное Ховроня дало прозвище Ховроненок — «сын или потомок Ховрони». Суффикс -енок (в диалектах -ёнок) в северных и центральных губерниях указывал на молодого человека или на принадлежность к роду: отсюда и фамилии вроде Ховроненков, Ховронёнков.

Географически фамилия тяготеет к бывшим Новгородской, Псковской и Тверской губерниям, где диалектное -ёнок было продуктивным. В переписях XIX века Ховроненковы встречаются среди государственных крестьян и мещан — то есть свободного сельского населения, не крепостных. В отличие от дворянских фамилий на -ский, эта осталась в низовых слоях, без привязки к поместью.

Интересная деталь: в некоторых говорах Ховроньей называли не только женщину, но и нерасторопного мужчину, поэтому прозвище могло быть ироничным. Но основная версия — по имени матери или бабки, что для русских фамилий редкость: обычно основой служит мужское имя. Здесь же, скорее всего, предка прозвали по матери-Ховронье, и это прозвище закрепилось за родом.

Однокоренные фамилии — Ховрин, Ховронин, Ховронский — но все они образованы от того же корня через разные суффиксы. Ховроненкова стоит особняком из-за финали -енков, которая выдаёт северное происхождение и указывает на то, что носители фамилии — потомки конкретного человека, а не просто «из рода Ховриных».