Фамилия Храмушина — это, скорее всего, фонетический вариант более распространенной фамилии Хромушин. Такая замена звука возникла под влиянием акающих говоров, где безударная «о» произносится как «а». Поэтому на письме закрепился вариант с буквой «а», хотя корень у обеих фамилий общий.

Основа фамилии — прозвище Хромуша, которое образовано от глагола «хромать», то есть «припадать на одну ногу». В переносном смысле это слово также означало «жить бедно, с нуждой перебиваться». Соответственно, прозвище могло указывать либо на физическую особенность предка — хромоту, либо на его тяжелое материальное положение. Оба значения были одинаково распространены в народной среде, поэтому сказать точнее уже невозможно.

Существует и вторая гипотеза происхождения. Согласно ей, в основе лежит не прозвище, а личное имя Храмуша — производная форма церковных имен Вахромей или Варфоломей. Имя Варфоломей имеет арамейские корни и переводится как «сын пашни, вспаханной земли», хотя встречается и версия «сын Птолемея». Если придерживаться этой версии, то основатель рода Храмушиных был человеком простого сословия, носившим распространенное в народе сокращение от крестильного имени.

Суффикс «-ин» в фамилии указывает на принадлежность: Храмушина — это «дочь или жена Храмуши», а сам Храмуша — «сын Храмуши». Такая модель образования типична для русских фамилий, сложившихся в среде крестьянства и посадских людей.

Обе версии имеют право на существование, но первая — от прозвища, связанного с хромотой или бедностью, — выглядит более естественной. Прозвища на Руси давали чаще, чем использовали уменьшительные формы церковных имен, особенно когда речь шла о внешних приметах человека.