Фамилия Хроматон — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не имя, а напрямую греческое слово. Она образована от «хроматос» (χρώματος) — родительного падежа греческого «хрома», то есть «цвет». В русском языке это слово закрепилось в научной лексике: хроматография, хроматический, монохромный. Фамилия Хроматон — это, скорее всего, «цветной», «относящийся к цвету».

Как именно предок получил такую фамилию, можно предположить по её окончанию. Суффикс -он — не типичный русский фамильный суффикс, он указывает на греческое происхождение носителя или, что вероятнее, на искусственное происхождение фамилии. В XIX веке в духовных семинариях будущим священникам часто давали «говорящие» фамилии из латинского или греческого языков. Хроматон мог получить выпускник, отличавшийся любовью к живописи, иконописи или просто обладавший яркой внешностью — рыжими волосами, румянцем. Семинаристы нередко переводили свою мирскую фамилию на греческий лад, и если, скажем, предок звался Цветковым или Красновым, то в духовном звании он мог стать Хроматоном.

Другая, менее вероятная версия — что фамилия связана с профессией красильщика или маляра. Но в этом случае в русской среде скорее возникла бы фамилия Красильников или Окрасин. Греческая основа «хромат-» почти наверняка выдает книжное, а не бытовое происхождение.

Географически фамилия Хроматон встречается исключительно редко и преимущественно на юге России и Украины, в регионах, где была сильна греческая диаспора, а также в среде потомков духовенства. Носители этой фамилии, как правило, не связаны напрямую с греками-переселенцами, а происходят из семей, где кто-то из предков получил фамилию при поступлении в семинарию или при переходе из греческого духовного училища.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет, за исключением разве что крайне редкой фамилии Хроматов, которая могла возникнуть тем же путём, но с другим суффиксом. Таким образом, Хроматон — это не просто фамилия, а маленький след греческой учёности в русском ономастиконе, памятник семинарскому обычаю переводить фамилии на классические языки.