Фамилия Хрюндельс — редкий случай, когда основа звучит почти как звукоподражание, а суффикс выдаёт нерусское происхождение. В русской традиции фамилии на -с почти не образуются: это характерно для латышских (Круминьш, Озолс), отчасти немецких и скандинавских фамилий. Скорее всего, Хрюндельс — онемеченная или латышизированная форма, попавшая в русскую среду через Прибалтику.

Корень «хрюндель» в русских говорах не зафиксирован как нарицательное слово. Можно предположить, что это диалектное прозвище, связанное со словом «хрюндеть» — в северо-западных говорах так говорили о том, кто хрипит, сопит или говорит в нос. Прозвище дали человеку с такой манерой речи или с хроническим насморком. Менее вероятна связь с «хрюкать» — для свиньи в русском языке есть фамилия Хрюков, а «хрюндель» звучит сложнее и грубее, возможно, с оттенком насмешки над невнятной речью.

Суффикс -с указывает на модель, где фамилия застыла в форме родительного падежа: в латышском языке такие фамилии означают «сын такого-то» или «принадлежащий». Если Хрюндельс — латышская фамилия, то исходное прозвище Хрюндельс (или Хрюндель) могло значить «хрипун» или «ворчун», и её принесли в Россию латышские переселенцы или остзейские немцы, обрусевшие в XIX веке.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных базах данных Хрюндельс фигурирует единично, преимущественно на северо-западе России — в Ленинградской и Псковской областях, что подтверждает прибалтийский след. Носители могли быть крестьянами или мещанами, получившими фамилию при переписи от немецкого или латышского писаря, который записал прозвище на слух.

Других версий, например, связи с немецким «Hrundel» (кругляш) или скандинавским корнем, нет — они не подтверждаются ни словарями, ни историей расселения. Фамилия остаётся локальным ономастическим курьёзом: редкая, прозрачная по модели, но тёмная по точному смыслу.