Фамилия Хубанлы — редкий пример тюркской модели, которая в русском контексте сохранила исходный суффикс принадлежности -лы, а не заменила его на славянские -ов или -ин. В тюркских языках, особенно в азербайджанском и турецком, аффикс -лы/-ли образует прилагательные со значением «имеющий что-то» или «происходящий откуда-то». Соответственно, Хубанлы означает «относящийся к Хубану» или «родом из места Хубан».

Основа фамилии, Хубан, скорее всего, восходит к личному имени или географическому названию. Имя Хубан (или Губан) в тюркской ономастике связывают с арабским «Хубан» — уменьшительной формой от «Хабиб» (любимый, друг), либо с древнетюркским словом со значением «сильный, могучий». Вторая версия правдоподобнее для прозвищного происхождения: Хубаном могли называть крепкого, властного человека.

Географически фамилия Хубанлы почти наверняка указывает на происхождение из села или местности с названием Хубанлы. Такие топонимы встречаются в Азербайджане (например, в Габалинском или Шекинском районах) и в Турции. В Российской империи носители фамилии — это, как правило, выходцы из Закавказья, которые переселялись в центральные губернии или на Северный Кавказ. В документах XIX века фамилия могла писаться как Хубанлы, Губанлы или Хубанлинский — последний вариант с русским суффиксом -ский встречается у офицеров и чиновников, стремившихся «обрусить» фамилию.

Социальный статус предков-носителей Хубанлы определить сложно: в тюркской среде такая фамилия не указывала на дворянство, но и не была однозначно крестьянской. Скорее всего, это были свободные земледельцы, ремесленники или мелкие торговцы. Среди известных носителей фамилии нет громких исторических фигур, что только подтверждает её локальный, местечковый характер.