Фамилия Хубаевы образована от мужского имени Хуба, которое восходит к арабскому корню со значением «любовь». Это имя имело множество диалектных вариантов — Хубб, Хуббе, Хубби, Хуббел, Хабба. Вероятно, так называли долгожданного первенца, вкладывая в имя пожелание, чтобы ребёнок рос в любви и был любим окружающими.

Историю фамилии обычно связывают с тюркской средой, а именно с выходцами из Золотой Орды — печенегами или половцами. Корни фамилии уходят в XV–XVII века, когда иноязычные имена активно проникали в русскую ономастику. Этому способствовал тот факт, что многие дворянские роды России имели нерусское происхождение: восточные вельможи переходили на службу к московским князьям, крестились и оседали, а их потомки уже носили фамилии, оформленные по русской модели.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: к основе Хуба- добавлен патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность к роду («сын Хубы»). Такая модель типична для фамилий, возникших из личных имён, и не несёт сословной окраски: по ней строили фамилии и дворяне, и крестьяне.

Сведения о восточном происхождении родоначальника подтверждаются самим именем: Хуба — чисто мусульманское, арабское по происхождению имя, не имеющее славянских параллелей. В русских документах оно фиксировалось редко, поэтому фамилия Хубаевы остаётся относительно редкой и локальной. Чаще всего она встречается там, где исторически жили тюркские народы, — на Северном Кавказе и в Поволжье, хотя отдельные ветви рода могли расселиться и по другим регионам.

Сегодня фамилия Хубаевы — это не просто память о конкретном человеке по имени Хуба, но и живой след эпохи, когда восточная культура и русская государственность переплетались в судьбах целых родов. По сути, это памятник восточной письменности, перенесённый на русскую почву и адаптированный её грамматикой.