Фамилия Хубаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Хубаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Хубаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Хубаев ведет свое начало от мусульманского имени Хуба. Оно имеет множество диалектных вариантов (Хубб, Хуббе, Хубби, Хуббел, Хабба) и переводится с арабского языка как «любовь». Скорее всего, такое имя родители дали своему долгожданному первенцу. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Хубаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Хубаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.