Фамилия Хубаева ведет свое начало от мусульманского имени Хуба. Оно имеет множество диалектных вариантов (Хубб, Хуббе, Хубби, Хуббел, Хабба) и переводится с арабского языка как «любовь». Скорее всего, такое имя родители дали своему долгожданному первенцу. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Хубаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.