Фамилия Хубанов — яркий пример того, как за привычным русским окончанием может скрываться нерусская основа. Вопреки возможному впечатлению, корень здесь не от слова «хубан» (которого в русском языке нет), а от тюркского имени или прозвища. Суффикс -ов указывает на стандартную модель образования русских фамилий: «чей?» — Хубанов, то есть сын или потомок Хубана.

Самая вероятная версия: основа «Хубан» восходит к тюркскому слову «хуб» (добрый, хороший, красивый) или к его производным. В татарском, башкирском, казахском языках «хуб» означает «хороший», «приятный». Имя Хубан (или Хубань) могло быть ласкательным прозвищем для желанного, долгожданного ребенка — что-то вроде «добряк» или «красавец». Встречается и вариант, где «хубан» — это форма тюркского имени Хубайдулла (арабское «милость Аллаха»), сокращенная до одного корня.

Менее распространенная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «хубан» — так в некоторых говорах называли большую деревянную чашу или ковш. Прозвище Хубан могли дать плотнику, бондарю или просто человеку с крупной головой (по аналогии с «котел»). Однако эта гипотеза слабее: в письменных источниках такое прозвище почти не фиксируется, а тюркская этимология подтверждается географией фамилии.

Фамилия Хубанов встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах, где веками жили татары, башкиры и другие тюркские народы в соседстве с русскими. Многие из таких фамилий перешли в русскую среду через браки или крещение: носитель тюркского имени Хубан принимал православие, и его дети уже записывались как Хубановы. Среди дворян или духовенства эта фамилия не отмечена — скорее всего, предки были крестьянами или казаками, что типично для фамилий с тюркской основой в тех краях.