Фамилия Хубаев образована от мужского личного имени Хуба, которое бытует у народов, исповедующих ислам. В основе лежит арабский корень со значением «любовь». Имя имеет множество диалектных форм: Хубб, Хуббе, Хубби, Хуббел, Хабба. Такое разнообразие произношения объясняется тем, что имя распространилось далеко за пределы арабского мира и в каждой языковой среде (тюркской, кавказской, иранской) обретало местное звучание.

Скорее всего, имя Хуба родители давали долгожданному или первому ребенку, вкладывая в него пожелание, чтобы он рос в любви и сам был любим окружающими. В мусульманской традиции имена с корнем «хабб» (любовь) нередко давали детям, появившимся на свет после долгих лет ожидания или молитв.

Фамилия Хубаев закрепилась по классической для русского языка модели: к восточному имени добавили русский патронимический суффикс -ев, который указывает на принадлежность роду. Буквально фамилия означает «сын Хубы» или «потомок Хубы». Такая схема образования типична для фамилий, возникших в среде, где русский язык служил языком делопроизводства, а личные имена имели мусульманское происхождение.

Стоит рассмотреть и менее очевидную версию. В некоторых тюркских языках существует слово «хуба» со значением «горб», «возвышение». В этом случае прозвище Хуба мог получить человек с характерной осанкой или живущий на холмистой местности. Однако эта гипотеза выглядит менее убедительной: имя с арабским корнем «любовь» встречается в источниках значительно чаще, чем прозвище, связанное с рельефом.

География фамилии широкая: она встречается у осетин, чеченцев, ингушей, балкарцев, а также у народов Дагестана. В каждой из этих культур имя Хуба могло иметь свои оттенки значения, но общая семантика «любви» и «желанности» сохранялась. У осетин, например, фамилия Хубаевых известна в Дигорском ущелье, где она закрепилась за целым родом.

В написании фамилии возможны варианты: Хубаев, Хубайев, Хуббаев. Двойная «б» в некоторых формах отражает усиленное произношение согласного в исходном имени, а «й» перед суффиксом появляется под влиянием тюркской огласовки. Все эти варианты восходят к одному корню и не меняют смысла фамилии.

Таким образом, фамилия Хубаев — это пример того, как восточное имя, означающее любовь, через русскую патронимическую форму стало родовым знаком, закрепившимся за потомками человека по имени Хуба.