Фамилия Хубатуллин — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркская основа и русский суффикс склеились в почти каноническую форму, но с одной особенностью: суффикс здесь не -ов, а -ин. В русских фамилиях -ин обычно указывает на принадлежность к материнскому роду или к основе на -а/-я, но в тюркских заимствованиях это скорее дань грамматике: фамилии на -ин от основ на согласный (типа Хубатулла) встречаются реже, чем на -ов, и часто выдают регион бытования — Татарстан, Башкортостан или западный Казахстан, где смешение языковых моделей было особенно сильным.

Основа фамилии — арабское имя Хубатулла (Хубатуллах), которое состоит из двух частей: «хубат» (араб. خبة — «дар», «подарок») и «Аллах» (Бог). В буквальном переводе — «дар Бога». Это теофорное имя, распространённое у мусульман Поволжья и Средней Азии, обычно давали ребёнку, которого считали долгожданным или ниспосланным свыше. Русский суффикс -ин добавился при оформлении фамилии в документах, чаще всего в XIX — начале XX века, когда крестьяне и мещане из татарских и башкирских селений получали фамилии по имени отца.

Спорных версий у фамилии практически нет: корень прозрачен, а альтернативные этимологии (например, от тюркского «хуба» — «хороший» с натяжкой) не выдерживают критики, поскольку арабская письменная традиция в исламских именах Поволжья хорошо задокументирована. Единственная неоднозначность — могла ли фамилия образоваться от прозвища Хубатулла, а не от имени, но в мусульманской среде прозвища редко строились на теофорных основах: имя было именем.

Встречаемость фамилии невысокая — пик концентрации приходится на Татарстан и Оренбургскую область, с отдельными гнёздами в Башкортостане. Носители Хубатуллиных — почти всегда потомки татарских или башкирских крестьян, реже — мещан из уездных городов. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована, что типично для поздних фамилий из нерусского населения.

Интересная деталь: в метрических книгах XIX века можно встретить вариант Хубатуллов — с суффиксом -ов, который в той же местности конкурировал с -ин. Но со временем форма на -ин закрепилась, возможно, из-за того, что основа на -а (Хубатулла) в русском языке ассоциировалась с женским родом, хотя имя мужское. Это не ошибка, а особенность адаптации: для русских писарей «Хубатулла» звучало как слово на -а, поэтому они давали суффикс -ин, как для фамилий типа Гагарин или Пушкин.