Фамилия Хубатуллина — женская форма мужской фамилии Хубатуллин, и её разбор стоит начать с корня, который ведёт нас не в славянскую, а в тюркскую и арабо-мусульманскую ономастику. Основа фамилии — арабское имя Хубатулла (или Хубатуллах), что переводится как «любимец Аллаха» или «дар Аллаха». «Хубб» (حب) по-арабски означает «любовь», а «Аллах» — имя Бога. Таким образом, в основе лежит не прозвище или ремесло, а личное имя с религиозным смыслом, типичное для народов, принявших ислам: татар, башкир, народов Кавказа и Средней Азии.

Модель образования фамилии типична для русского языкового пространства, куда фамилия попала через тюркское посредничество. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Хубатуллин — буквально «сын Хубатуллы» или «из рода Хубатуллы». В русской традиции такие фамилии закрепились в XIX–XX веках, когда у татар и башкир, входивших в состав Российской империи, начали массово фиксировать фамилии по отчеству — с добавлением русского суффикса. Женская форма Хубатуллина образовалась стандартно: замена окончания «-ин» на «-ина» для обозначения жены или дочери носителя фамилии.

Географически фамилия Хубатуллина чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в регионах с компактным проживанием татарского населения — в Оренбургской, Челябинской областях и в некоторых районах Удмуртии. Встречается она и среди казанских татар, и среди мишарей. В отличие от более массовых татарских фамилий на «-ов» (например, Ахметов, Ибрагимов), форма на «-ин» встречается реже, но для татарской ономастики нередка: вспомните фамилии Абдуллин, Аминов, Хасанов — они образованы по той же схеме.

Спорных версий у этой фамилии немного. Иногда её путают с фамилией Хубатуллин, записанной через «о» — Хубатоллин, но это скорее диалектный или орфографический вариант, возникший из-за акающего произношения в некоторых говорах. Ещё реже основу ошибочно связывают с тюркским словом «хуба» (красивый), но арабское происхождение через имя Хубатуллах подтверждается и религиозным контекстом, и словарями личных имён.

Что касается социального статуса предков, то носители фамилии Хубатуллин (и Хубатуллина) в основном принадлежали к крестьянскому или мещанскому сословию. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века такие фамилии фиксировали у государственных крестьян, реже — у купцов или духовенства. Дворянских корней у неё нет, что типично для фамилий, образованных от мусульманских имён в среде простого народа.